فراخوان همکاری آزمایشگاه های ژنتیک با بهزیستی استان

اداره کل بهزیستی استان کهگیلویه وبویراحمد َدر نظر دارد جهت پوشش خدمات آزمایشات ژنتیک به توانخواهان و خانواده های دارای عدم تمکن مالی مراجعه کننده به مراکز خدمات مشاوره ژنتیک تحت نظارت خود ، با آزمایشگاههای واجد شرایط استان کهگیلویه و بویراحمد و استان فارس دعوت به همکاری نماید:

به گزارش روابط عمومی اداره کل بهزیستی استان کهگیلویه و بویراحمد: اداره کل بهزیستی استان در نظر دارد، نسبت به همکاری وعقد قرارداد با آزمایشگاه های واجد شرایط ارایه خدمات آزمایشات ژنتیک به توانخواهان و خانواده های فاقد تمکن مالی مراجعه کننده به مراکز خدمات مشاوره ژنتیک تحت نظارت خود با شرایط زیر اقدام نماید .

لذا متقاضیان می توانند از تاریخ 19/2/1402 لغایت پایان وقت اداری 25/2/1402 در خواست های خود را به دفترپیشگیری از معلولیتهای معاونت پیشگیری بهزیستی استان واقع در خیابان پاسداران تپه جهانگردی ساختمان شماره 2 تحویل نمایند.

                شرایط اختصاصی آزمایشات هول اگزوم و غیر هولگزوم:

1. آزمایشگاه متعهد است از ارجاع افراد ( بیمار ) به آزمایشگاههای همکار خودداری نمایند .

2. آزمایشگاه های همکار می بایست مورد تایید کمیته تخصصی استان سر منطقه  باشند و نحوه جواب دهی می بایست طبق فرمت مورد تایید سازمان بهزیستی کشور ارسال گردد . ( ضمیمه 1 و 2)

تبصره :آزمایشگاه های همکار می توانند در همان استان یا سایر استان ها باشند.

3. استفاده از فرمت جوابدهی مورد تایید سازمان بهزیستی کشور ( ضمیمه 1 و 2)

4. تکمیل قسمت ج فرم متقاضیان کمک هزینشه های انجام آزمایشات ژنتیک

5.استفاده از کیت  توالی یابی استاندارد - حداقل  Agilent Sure Select v و عدم استفاده از کیت های متفرقه ( کیت کوچکتر از 40 MB نباشد )

6مرحله بیو انفورماتیک مربوطه با شرایط خوانش حداقل 100  ایکس با حجم حداقل 8 گیگا باز دیتا و به طوری که کل میزان خوانش 20 ایکس کمتر از 5 درصد  باشد و همچنین  نرخ خوانش های تکراری کمتر از 20  درصد باشد.

7میزان Coverage و depth ژن های گزارش شده در جواب حتما ذکر گردد. 

8نرخ نواحی بدون خوانش تارگت در کیت توالی یابی کمتر از 2درصد باشد. با توجه  به نواحی تعریف شده در BED فایل کیت (حداقل   Agilent Sure Select v6 )

تبصره: در صورت منفی شدن جواب می بایست نام ژن های مرتبط با فنوتیپ بیماری که بررسی شده ، ثبت شود و در ضمن ژن های نواحی خوانده نشده نیز  قید گردد . 

9ذخیره سازی انلاین فایل های  FAST Q و ارائه دسترسی های لازم به سازمان بهزیستی برای تمامی نمونه ها برای مدت زمان حداقل 5 سال بعد از پذیرش بیمار بدون نیاز به درخواست  بارگذاری و یا انتقال اطلاعات با استفاده از هارد درایو

10ارائه مستندات لازم در خصوص پایپلاین استفاده شده

11پاپلاین آنالیز توانایی های زیر را داشته باشد :

12انجام فرایندAlignment   و تولید یکی از دونوع فایل BAM یا  CRAM  و  به همراهindex

13انجام فرایند Variant calling و تولید فایل های VCF  و gVCF   به صورت فشرده به همراه فایل های

index

14انجام فر آیند CNV calling و تولید فایل  VCF مربوطه

15انجام فرآیند Variant  Annotation  وارائه فایل خروجی با فرمت اکسل لازم به ذکر است حجم فایل خروجی بدون فشرده سازی نباید بیشتر از MB 200 بیشتر باشد تا به راحتی قابل انتقال و بررسی باشد 

16انجام فرایند Varient classification بر اساس دستورالعمل  ACMG و ارائه فایل خروجی در فرمت اکسل

17انجام فرایند CNV Annotation و ارائه فایل خروجی در فرمت اکسل

18انجام فرایند  CNV Classification  بر اساس دستورالعمل ACMG و ارائه فایل خروجی در فرمت اکسل

19در صورت موجود بودن بیش از یک نمونه از یک خانواده  سیستم باید توانایی مقایسه و آنالیز از یک نوع از بررسی ها را داشته باشد  (Trio/Due )

20انجام فرایند محاسباتی پوشش اگزونی بر اساس فایلBED کیت توالی یابی  و ارائه فایل خروجی

21قابلیت ارائه گزارش پوشش اگزونی ژن ها به جهت اطمینان از پوشش نواحی احتمالی مرتبط با علل بیماری

22ارائه گزارش های کیفیتی کامل به تفکیک هر مرحله و برای هرنوع فایل ورودی و خروجی

23ایجاد قابلیت مشاهده فایل هایBAM و یا CRAM به صورت آنلاین و بدون نیاز به دانلود کردن فایل با استفاده از نرم افزار IGV

24ذخیره سازی فایل های FAST Q به مدت 5 سال  الزامی ا ست و در صورت درخواست مرکزارجاع دهنده و یا بهزیستی فایل مورد نظر می بایست به طور  کاملا رایگان در اختیار درخواست کنندگان  قرار گیرد.

25با توجه به پیچیدگی  های بیماری های ژنتیکی  و محدودیت ارائه گزارش شامل اطلاعات جانبی هر واریانت و همین طور ورژن نرم افزارها و بانک اطلاعاتی استفاده شده در به دست آوردن اطلاعات و نتایج باشد.

26انجام کل فرایند آنالیز داده در ایران و ارائه مستندات لازم

27. علاوه بررعایت  فرمت جوابدهی اعلام شده توسط سازمان بهزیستی کشور آزمایشگاه می بایست  تفسیر و توضیح در خصوصVariant  های پیدا شده در  آزمایشات را نیز ارائه دهد.

28. اعلام نتایج حاصله از آزمایشات هر 6 ماه یکبار به معاونت پیشگیری بهزیستی شهرستان/ استان بصورت فایل اکسل در DVD (در قالب فرم ضمیمه  3)

29. اعلام موارد Incidental finding  طبق گاید لاین ACMGG ( اعلام سایر واریانت های غیر طبیعی که در درخواست اولیه وجود نداشته اند) ، همچنین اعلام مواردی که فرد ناقل واریانت های pathogenic یا likely pathogenic   در بیماری هایی است که اندیکاسیون تشخیص قبل از تولد یا PGD به منظور جلوگیری در بارداری های آتی دارند.

30.همکاری در تشکیل بانک اطلاعاتی جهش های ژنتیکی در کشور

31. ارسال لیست اسامی خدمت گیرندگان و فاکتورهای مربوطه به طرف اول جهت دریافت کمک هزینه انجام آزمایشات همراه با تکمیل فرم متقاضیان کمک هزینه انجام آزمایش 

تبصره: طرف دوم متعهد می گرددکه مشمول قانون منع مداخله کارکنان دولت درمعاملات دولتی نباشد .

32.همکاری با تیم نظارتی سازمان بهزیستی کشور 

با توجه به این که انجام مشاوره ژنتیک فقط به عهده پزشکان مراکز مشاوره ژنتیک می باشد، آزمایشگاه هایی که مورد مذکور را رعایت کرده باشند در اولویت قرار دارند.

 تبصره: در سایر موارد باید به آزمایشگاه تذکر داده شود که می بایست از انجام مشاوره قبل یا بعد از انجام آزمایش خودداری نموده وچنانچه نظر وکامنتی دارد، مستقیم با پزشک ارجاع دهنده مطرح کند.

33.رعایت تعرفه های وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و تخفیف با توافق

34.سابقه حسن همکاری با بهزیستی

لذا مقتضی است واجدین شرایط  تا ۷ روز پس از اعلام فراخوان، (درخواست ، رزومه کامل از آزمایشگاه شامل تاریخ تاسیس ، سوابق همکاری قبلی ، پروانه تاسیس و مسئول فنی ، کپی کارت ملی موسس و مسئول فنی ، درصد تخفیف پیشنهادی را به معاونت توسعه پیشگیری اداره کل  بهزیستی استان کهگیلویه و بویراحمد ارائه نمایند .درخواست های ارائه شده در کمیته تخصصی مربوطه مورد بررسی و درصورت پذیرش  درخواست در کمیته، نسبت به عقد تفاهم نامه اقدام خواهد شد.

کد خبر 79200

نظر شما

شما در حال پاسخ به نظر «» هستید.
9 + 4 =

خدمات الکترونیک پرکاربرد